UPTD SMP Negeri 16 Kota Tangerang Selatan didirikan pada tahun 2006 yang sebelumnya berencana bernama SMP Swasta Madani yang didirikan oleh perkumpulan kepala sekolah se-kecamatan serpong. Dikarenakan tidak mencukupi akhirnya Pemerintah Kota Tangerang Selatan (saat itu masih Kabupaten Tangerang) mengambil alih sekolah swasta tersebut menjadi SMP Negeri 05 Serpong. Karena terhitung masih baru, jadi SMP Negeri 05 Serpong meminjam alias numpang gedung ke SD Negeri Pakujaya Timur (saat ini SD Negeri Pakujaya 01) sampai tahun 2008. Kemudian di tahun 2008 SMP Negeri 05 Serpong membangun gedungnya sendiri. Pada tahun 2009, tidak jauh dari berdirinya Kota Tangerang Selatan, SMP Negeri 05 Serpong mengubah namanya menjadi SMP Negeri 16 Kota Tangerang Selatan yang pada awal berdirinya hanya berjumlah puluhan siswa dan sekarang sudah mencapai seribu lebih siswanya. Di tahun 2024 ini, SMP Negeri 16 Kota Tangerang Selatan mengikuti instruksi dari Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kota Tangerang Selatan yang di Kepalai oleh Bapak Deden Deni,SE.,S.AP.,MM. kembali mengubah nama menjadi UPTD SMP Negeri 16 Kota Tangerang Selatan.